گوارش
داشتن آرواره به ماهی‌ها اذن می‌دهد تا گروه‌های گوناگونی از مواد خوراکی را مصرف کنند از گیاهان گرفته تا موجودات زندهٔ دیگر . ماهی‌ها پس از بلعیدن طعام در مری آن را به مواد ریزتر تبدیل مینمایند و در معده غذا را عمده گوارش مینمایند . بسیاری از ماهی‌ها اندامی انگشت مانند به اسم کورروده دارا‌هستند که آنزیم‌های گوارشی را ترشح مینماید و مواد مغذی را جذب میکند . همان‌طور که مواد خوراکی مسیر خود را در دستگاه گوارش می‌پیمایند اندام‌هایی مثل کبد و لوزالمعده تعدادی آنزیم و مادهٔ شیمیایی دیگر به آنان می‌افزایند . روده گام پایان گوارش میباشد و مواد مغذی در آنجا جذب می شوند .
دفع
همانند اکثری از آبزیان، بخش اعظم ماهی‌ها مواد نیتروژن دار نامناسب را به صورت آمونیاک از بدن خویش خارج مینمایند . برخی از مواد زائد از روش آبشش‌ها واپخش می‌گردد . مواد زائد مو جود در خون به امداد کلیه‌ها غربال می‌گردد .
ماهی‌های آب‌های شور ترجیح می‌دهند به ادله پدیدهٔ گذرندگی آب از دست دهند . کلیه‌های آن ها آب را به تن بازمی‌گرداند؛ در ماهی‌های آب‌های شیرین این پدیده برعکس است؛ آن ها دوست دارند بدنشان آب بدست آورد . کلیه‌های آنها برای دفع مواد زائد ادراری رقیق بیرون می نماید . بعضا ماهی‌ها اندام‌هایی توسعه یافته تر دارا‌هستند کلیه‌های آنها به گونه‌ای میباشد که به آن ها اذن می‌دهد نیز در آب‌های شور و هم در آب‌های شیرین معاش نمایند .
آلرژی
و دستگاه عصبی
نمای مغز ماهی قزل‌آلای رنگین‌کمان از سمت کمر آن .
از بالا به پایین به ترتیب، پیاز بویایی، مخ، بخش تشخیص نوروفروغ و بینایی، اندام بخش شنا، تعادل و حس الکتریکی در مقایسه با دیگر مهره‌داران، ماهی‌ها معمولاً نسبت به اندامشان، مغز کوچکی دارند؛ عموماً وزن مغز یک ماهی یک-پانزدهم وزن مغز یک پرنده یا این که پستاندار هم‌ردیفش (از لحاظ بزرگی) می باشد .[۲۳] با این هم اکنون ماهی‌هایی وجود دارا‌هستند که مغز تقریبا بزرگی دارند، از آن بین می‌توان به پیل‌ماهیان و کوسه اشاره کرد . سنگینی مغز این ماهی‌ها همانند طیوران و کیسه‌داران میباشد .[۲۴]
مغز یک ماهی به تعدادی حیطه تقسیم می‌گردد . در پیش، پیاز بویایی قرار دارد . یک ساختار زوج که سیگنال‌های رسول گردیده از سوراخ‌های بینی را به یاری دو عصب بویایی، اخذ و پردازش می کند .[۲۳] برای ماهی‌هایی که با یاری احساس بویایی شکار می نمایند مانند کوسه‌ها، گربه ماهی‌ها و بی‌فک‌ماهی‌ها، پیاز بویایی زیاد گرانقدر هست . در پشت پیاز بویایی، دو عضو با ساختاری همانند مخِ آب‌پرده‌داران توسعه یافته وجود دارااست . در ماهی‌ها، مخ بیشتر سرگرم حس بویایی هست .[۲۳] کل این ساختار با هم مغز قبل یا پیش‌مغز (forebrain) نام داراست .
ارتباط دربین مغز پیشین و میان‌مغز با امداد مغز میانجی برقرار می شود . در نگارهٔ نشان داده گردیده این بخش در ذیل اندام بصیرت قرار داراست و در تصویر چشم نمیشود . مغز میانجی کارهای مرتبط با هورمون‌ها و هم‌ایستایی را انجام می دهد .[۲۳] غده صنوبری صحیح در بالای مغز میانجی جای گرفته‌است . این بخش مسئول تشخیص نوروروشنایی است، ساعت زیستی تن جان دار را تنظیم می کند و دگرگونی‌های رنگ تن را در اختیار گرفتن مینماید .[۲۳]
درون میان‌مغز دو عضو تشخیص نور و روشنایی قرار دارند، در ماهی‌هایی که با کمک بینایی خود به شکار می‌روند نظیر قزل‌آلای رنگین‌کمان و سیکلید این اندام‌ها بزرگتر میباشد .[۲۳]
مغز پشتی یا این که مغز پیشاپسین ویژهٔ شنا کردن و محافظت تعادل میباشد .[۲۳] این بخش مغز دیگر اندام‌های زوج ندارد بلکه تکی میباشد و از همهٔ بخش‌ها بزرگتر هست .[۲۳] این بخش از مغز در بی‌فک‌ماهی‌ها و مکنده‌ماهیها نسبتاً کوچک میباشد در حالی که در پیل‌ماهیان این بخش بزرگتر میباشد و ظاهراً مسئول احساس الکتریکی ماهی نیز میباشد .[۲۳] ساقه مغز، بخش پسین مغز است که بار کنترل عضله ها و اندام‌های بدن را بر دوش دارااست در ماهی‌های استخوانی، ساقه مغز، تنفس فیزیولوژیک و تهیه فشار اسمزی را نیز انجام می دهد .[۲۳]